近日，一項前瞻性研究結果顯示，多種檢測技術結合使用，可以為多數患有實體瘤的成年人患者提供個性化腫瘤治療或預測信息。
在最新一期Genome Medicine雜志中，西奈山醫(yī)學院的研究人員發(fā)文描述了，將外顯子測序、SNP芯片基因分析和RNA測序結合使用，為46名癌癥患者尋找個性化癌癥治療方案。這些患者患有的癌癥包括乳腺癌、結腸直腸癌、甲狀腺癌以及其他實體腫瘤類型。該研究小組根據新方法鑒定出的遺傳變異信息，為42名病人(91%)提供了治療建議，其中4名患者接受治療病情得到顯著改變。
文章通訊作者，西奈山伊坎醫(yī)學院基因信息學主任Rong Chen表示：“我們進行這個項目，是希望對于每一種腫瘤的變異信息有更加全面的認識，并對病人的治療產生作用。但令我們驚訝的是，只用現有的單個檢測技術可能會丟失大量信息。”該研究的目的是探索個性化癌癥治療項目潛在的臨床效用。作為試驗的一部分，研究小組征集了一批正在接受治療的癌癥患者。
對前5個患者的樣本進行研究時，對樣本分析流程有所不同。之后41個患者樣本采用統(tǒng)一的分析流程，使用Illumina的芯片和伊坎醫(yī)學院基因組學中心CLIA認證實驗室的測序平臺。在使用外顯子測序和SNP芯片基因分型對凍存樣本或者福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)樣本進行分析，同時凍存樣本進行RNA測序。該研究小組通過結合三種分析方法，尋找可能影響腫瘤治療或者預期結果的基因突變、表達改變、基因融合，以及拷貝數模式。
文中寫道：“我們采用這種整合方法，最初是希望利用多種平臺的基因組分析數據，在細胞水平生成癌癥中潛在的致癌信號網絡。”
研究人員將外顯子組測序得到的突變與靶向panel測序鑒定結果進行對比，發(fā)現兩者在識別體細胞單核苷酸變異、小型插入缺失等方面一致性達到85%。靶向panel測序方法識別這些變異類型更加靈敏，可能是由于測序深度增加導致。在進行拷貝數分析時，研究人員發(fā)現外顯子組測序結果和SNP分型結果一致。利用RNA測序數據，在14個腫瘤樣本中檢測到基因融合，其中1個基因融合事件已通過PCR實驗得到驗證。
另外，不同種類的腫瘤和個體患者所攜帶的突變數量存在差異。有的腫瘤樣本中，DNA(每Mb)中僅存在幾個體細胞變異，有的樣本中可能存在超過二十幾個突變。平均每個病人體內存在與癌癥相關的體細胞突變超過17個。
研究小組評估后表示，通過以外顯子組測序為核心的整合檢測方法，發(fā)現每個病人的體細胞突變是FoundationOne，Oncomine Comprehensive和Ion AmpliSeq Cancer Hotspot panels等方法檢測到的體細胞變異的5~13倍。有42個病人檢測到的體細胞突變數量是使用panel測序方法檢測出的2~8倍。
文章另一通訊作者伊坎基因組織學和多尺度生物學研究所創(chuàng)辦董事EricSchadt表示：“這種整合方法目前最大的爭議就是使用多種分析平臺導致費用增加。但是對于那些和癌癥抗爭的病人來說，很難用價格來衡量可能會帶來的好結果。”他還補充道，可先使用靶向panel檢測，然后對于沒有檢測出有用變異信息的病人進一步增加更加全面的檢測，使病人的利益最大化。
